BARDINI, ROBERTA

BARDINI, ROBERTA  

Dipartimento di Automatica e Informatica  

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A methodology combining reinforcement learning and simulation to optimize the in silico culture of epithelial sheets / Castrignanò, Alberto; Bardini, Roberta; Savino, Alessandro; Di Carlo, Stefano. - In: JOURNAL OF COMPUTATIONAL SCIENCE. - ISSN 1877-7503. - ELETTRONICO. - 76:(2024), pp. 1-20. [10.1016/j.jocs.2024.102226] 1-gen-2024 Bardini, RobertaSavino, AlessandroDi Carlo, Stefano + 1-s2.0-S187775032400019X-main (1).pdf
Biology System Description Language (BiSDL): a modeling language for the design of multicellular synthetic biological systems / Giannantoni, Leonardo; Bardini, Roberta; Savino, Alessandro; Di Carlo, Stefano. - In: BMC BIOINFORMATICS. - ISSN 1471-2105. - ELETTRONICO. - 25:1(2024), pp. 1-33. [10.1186/s12859-024-05782-x] 1-gen-2024 Giannantoni, LeonardoBardini, RobertaSavino, AlessandroDi Carlo, Stefano s12859-024-05782-x.pdf12859_2024_5782_MOESM1_ESM.pdf
Computational methods for biofabrication in tissue engineering and regenerative medicine - a literature review / Bardini, Roberta; Di Carlo, Stefano. - In: COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL. - ISSN 2001-0370. - STAMPA. - 23:(2024), pp. 601-616. [10.1016/j.csbj.2023.12.035] 1-gen-2024 Bardini, RobertaDi Carlo, Stefano PIIS2001037023005111.pdf
Cross-omic Transcription Factors meta-analysis: an insight on TFs accessibility and expression correlation / Martini, Lorenzo; Bardini, Roberta; Savino, Alessandro; Di Carlo, Stefano. - In: GENES. - ISSN 2073-4425. - ELETTRONICO. - 15:3(2024), pp. 1-16. [10.3390/genes15030268] 1-gen-2024 Martini, LorenzoBardini, RobertaSavino, AlessandroDi Carlo, Stefano genes-15-00268.pdf
GRAIGH: Gene Regulation accessibility integrating GeneHancer database / Martini, Lorenzo; Bardini, Roberta; Savino, Alessandro; Di Carlo, Stefano. - ELETTRONICO. - (2024), pp. 343-348. (Intervento presentato al convegno 2023 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM) tenutosi a Istanbul (Turkey) nel Dec. 5-8, 2023) [10.1109/BIBM58861.2023.10385417]. 1-gen-2024 Martini, LorenzoBardini, RobertaSavino, AlessandroDi Carlo, Stefano GRAIGH_Gene_Regulation_accessibility_integrating_GeneHancer_database.pdfPaper___BIBM_2023___GRAIGH (3).pdf
Neuronal Spike Shapes (NSS): A straightforward approach to investigate heterogeneity in neuronal excitability states / Martini, Lorenzo; Amprimo, Gianluca; Di Carlo, Stefano; Olmo, Gabriella; Ferraris, Claudia; Savino, Alessandro; Bardini, Roberta. - In: COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE. - ISSN 0010-4825. - ELETTRONICO. - 168:(2024), pp. 1-15. [10.1016/j.compbiomed.2023.107783] 1-gen-2024 Martini, LorenzoAmprimo, GianlucaDi Carlo, StefanoOlmo, GabriellaSavino, AlessandroBardini, Roberta + 1-s2.0-S0010482523012489-main.pdf
GAGAM v1.2: An Improvement on Peak Labeling and Genomic Annotated Gene Activity Matrix Construction / Martini, Lorenzo; Bardini, Roberta; Savino, Alessandro; DI CARLO, Stefano. - In: GENES. - ISSN 2073-4425. - ELETTRONICO. - 14:1(2023). [10.3390/genes14010115] 1-gen-2023 Lorenzo MartiniRoberta BardiniAlessandro SavinoStefano Di Carlo genes-14-00115.pdf
Meta-analysis of Gene Activity (MAGA) Contributions and Correlation with Gene Expression, Through GAGAM / Martini, L.; Bardini, R.; Savino, A.; Di Carlo, S.. - ELETTRONICO. - 13920:(2023), pp. 193-207. (Intervento presentato al convegno 10th International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (IWBBIO 2023) tenutosi a Meloneras, Gran Canaria (ESP) nel 12-14 July 2023) [10.1007/978-3-031-34960-7_14]. 1-gen-2023 Martini L.Bardini R.Savino A.Di Carlo S. 978-3-031-34960-7_14.pdfIWBBIO23-MAGA.pdf
A Methodology for Co-simulation-Based Optimization of Biofabrication Protocols / Giannantoni, L; Bardini, R; Di Carlo, S. - ELETTRONICO. - 13347:(2022), pp. 179-192. (Intervento presentato al convegno International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (IWBBIO) 2022 tenutosi a Gran Canaria nel Jun. 27-30, 2022) [10.1007/978-3-031-07802-6_16]. 1-gen-2022 Giannantoni LBardini RDi Carlo S 2022.01.28.478198.full.pdf978-3-031-07802-6_16.pdfpaper_91.pdf
GAGAM: A Genomic Annotation-Based Enrichment of scATAC-seq Data for Gene Activity Matrix / Martini, Lorenzo; Bardini, Roberta; Savino, Alessandro; DI CARLO, Stefano. - ELETTRONICO. - 13347:(2022), pp. 18-32. (Intervento presentato al convegno International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (IWBBIO) 2022 tenutosi a Gran Canaria nel Jun. 27-30, 2022) [10.1007/978-3-031-07802-6_2]. 1-gen-2022 Lorenzo MartiniRoberta BardiniAlessandro SavinoStefano Di Carlo Martini2022_Chapter_GAGAMAGenomicAnnotation-BasedE.pdfIWBBIO_2022___Single_Cell (2).pdf
High-resolution sample size enrichment of single-cell multi-modal low-throughput Patch-seq datasets / Martini, Lorenzo; Bardini, Roberta; Savino, Alessandro; Di Carlo, Stefano. - ELETTRONICO. - (2022), pp. 2334-2341. (Intervento presentato al convegno 2022 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM) tenutosi a Las Vegas (USA) nel Dec. 6-8, 2022) [10.1109/BIBM55620.2022.9995529]. 1-gen-2022 Martini, LorenzoBardini, RobertaSavino, AlessandroDi Carlo, Stefano High-resolution_sample_size_enrichment_of_single-cell_multi-modal_low-throughput_Patch-seq_datasets.pdf2022___IEEE_BIBM___Number_cells_enrichment (1).pdf
Meta-Analysis of cortical inhibitory interneurons markers landscape and their performances in scRNA-seq studies / Martini, Lorenzo; Bardini, Roberta; DI CARLO, Stefano. - ELETTRONICO. - (2021), pp. 253-258. (Intervento presentato al convegno 2021 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM) tenutosi a Houston (USA) nel Dec. 9-12, 2021) [10.1109/bibm52615.2021.9669888]. 1-gen-2021 Lorenzo MartiniRoberta BardiniStefano Di Carlo 2021___IEE_BIBM.pdfMeta-Analysis_of_cortical_inhibitory_interneurons_markers_landscape_and_their_performances_in_scRNA-seq_studies..pdf
Nets-within-nets for modeling emergent patterns in ontogenetic processes / Bardini, Roberta; Benso, Alfredo; Politano, Gianfranco; Di Carlo, Stefano. - In: COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL. - ISSN 2001-0370. - ELETTRONICO. - 19:(2021), pp. 5701-5721. [10.1016/j.csbj.2021.10.008] 1-gen-2021 Bardini, RobertaBenso, AlfredoPolitano, GianfrancoDi Carlo, Stefano NWN_CElegans.pdf1-s2.0-S200103702100430X-main.pdf
Metodo computerizzato per generare protocolli di coltura per bio-manufacturing / Bardini, Roberta; Di Carlo, Stefano; Benso, Alfredo; Politano, Gianfranco. - (2020). 1-gen-2020 Bardini, RobertaDi Carlo, StefanoBenso, AlfredoPolitano, Gianfranco -
A diversity-aware computational framework for systems biology / Bardini, Roberta. - (2019 Sep 18), pp. 1-147. 18-set-2019 BARDINI, ROBERTA conv_bardini_phd_thesis_v1.pdfconv_phd_thesis_abstract_bardini.pdf
Metodo di simulazione via computer dell'ontogenesi di un sistema biologico e, opzionalmente, di generazione di un protocollo di coltura / Bardini, Roberta; Di Carlo, Stefano; Benso, Alfredo; Politano, Gianfranco. - (2019). 1-gen-2019 Bardini, RobertaDi Carlo, StefanoBenso, AlfredoPolitano, Gianfranco -
Computational Tools for Applying Multi-level Models to Synthetic Biology / Bardini, R.; Politano, G.; Benso, A.; Di Carlo, S. - In: Synthetic Biology: Omics Tools and Their Applications / S. Singh. - STAMPA. - Singapore : Springer, 2018. - ISBN 978-981-10-8692-2. - pp. 95-112 [10.1007/978-981-10-8693-9_7] 1-gen-2018 R. BardiniG. PolitanoA. BensoS. Di Carlo -
Modeling antibiotic resistance in the microbiota using Multi-level Petri Nets / Bardini, Roberta; DI CARLO, Stefano; Politano, GIANFRANCO MICHELE MARIA; Benso, Alfredo. - In: BMC SYSTEMS BIOLOGY. - ISSN 1752-0509. - ELETTRONICO. - 12:6(2018), pp. 1-21. [10.1186/s12918-018-0627-1] 1-gen-2018 Roberta BardiniStefano Di CarloGianfranco PolitanoAlfredo Benso s12918-018-0627-1.pdf
Modeling biological complexity using Biology System Description Language (BiSDL) / Muggianu, Flavia; Benso, A.; Bardini, R.; Hu, E.; Politano, G.; Carlo, S. Di. - STAMPA. - (2018), pp. 713-717. (Intervento presentato al convegno IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, BIBM 2018 tenutosi a Madrid, Spain nel 3-6 Dec. 2018) [10.1109/BIBM.2018.8621533]. 1-gen-2018 MUGGIANU, FLAVIABenso, A.Bardini, R.Politano, G.Carlo, S. Di + PID5654585.pdf
Multi-level and hybrid modelling approaches for systems biology / Bardini, Roberta; Politano, GIANFRANCO MICHELE MARIA; Benso, Alfredo; DI CARLO, Stefano. - In: COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL. - ISSN 2001-0370. - STAMPA. - 15:(2017), pp. 396-402. [10.1016/j.csbj.2017.07.005] 1-gen-2017 BARDINI, ROBERTAPOLITANO, GIANFRANCO MICHELE MARIABENSO, ALFREDODI CARLO, STEFANO 1-s2.0-S2001037017300314-main.pdf