BARDINI, ROBERTA
BARDINI, ROBERTA
Dipartimento di Automatica e Informatica
039474
A diversity-aware computational framework for systems biology
2019 Bardini, Roberta
A Methodology for Co-simulation-Based Optimization of Biofabrication Protocols
2022 Giannantoni, L; Bardini, R; Di Carlo, S
Computational Tools for Applying Multi-level Models to Synthetic Biology
2018 Bardini, R.; Politano, G.; Benso, A.; Di Carlo, S.
GAGAM v1.2: An Improvement on Peak Labeling and Genomic Annotated Gene Activity Matrix Construction
2023 Martini, Lorenzo; Bardini, Roberta; Savino, Alessandro; DI CARLO, Stefano
GAGAM: A Genomic Annotation-Based Enrichment of scATAC-seq Data for Gene Activity Matrix
2022 Martini, Lorenzo; Bardini, Roberta; Savino, Alessandro; DI CARLO, Stefano
High-resolution sample size enrichment of single-cell multi-modal low-throughput Patch-seq datasets
2022 Martini, Lorenzo; Bardini, Roberta; Savino, Alessandro; Di Carlo, Stefano
Meta-Analysis of cortical inhibitory interneurons markers landscape and their performances in scRNA-seq studies.
2021 Martini, Lorenzo; Bardini, Roberta; DI CARLO, Stefano
Meta-analysis of Gene Activity (MAGA) Contributions and Correlation with Gene Expression, Through GAGAM
2023 Martini, L.; Bardini, R.; Savino, A.; Di Carlo, S.
Metodo computerizzato per generare protocolli di coltura per bio-manufacturing
2020 Bardini, Roberta; Di Carlo, Stefano; Benso, Alfredo; Politano, Gianfranco
Metodo di simulazione via computer dell'ontogenesi di un sistema biologico e, opzionalmente, di generazione di un protocollo di coltura
2019 Bardini, Roberta; Di Carlo, Stefano; Benso, Alfredo; Politano, Gianfranco
Modeling antibiotic resistance in the microbiota using Multi-level Petri Nets
2018 Bardini, Roberta; DI CARLO, Stefano; Politano, GIANFRANCO MICHELE MARIA; Benso, Alfredo
Modeling biological complexity using Biology System Description Language (BiSDL)
2018 Muggianu, Flavia; Benso, A.; Bardini, R.; Hu, E.; Politano, G.; Carlo, S. Di
Multi-level and hybrid modelling approaches for systems biology
2017 Bardini, Roberta; Politano, GIANFRANCO MICHELE MARIA; Benso, Alfredo; DI CARLO, Stefano
Nets-within-nets for modeling emergent patterns in ontogenetic processes
2021 Bardini, Roberta; Benso, Alfredo; Politano, Gianfranco; Di Carlo, Stefano
Using multi-level Petri nets models to simulate microbiota resistance to antibiotics
2017 Bardini, R.; Politano, G.; Benso, A.; Di Carlo, S.
Using Nets-Within-Nets for Modeling Differentiating Cells in the Epigenetic Landscape
2016 Bardini, Roberta; Benso, Alfredo; DI CARLO, Stefano; Politano, GIANFRANCO MICHELE MARIA; Savino, Alessandro
Citazione | Data di pubblicazione | Autori | File |
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A diversity-aware computational framework for systems biology / Bardini, Roberta. - (2019 Sep 18), pp. 1-147. | 18-set-2019 | BARDINI, ROBERTA | conv_bardini_phd_thesis_v1.pdf; conv_phd_thesis_abstract_bardini.pdf |
A Methodology for Co-simulation-Based Optimization of Biofabrication Protocols / Giannantoni, L; Bardini, R; Di Carlo, S. - ELETTRONICO. - 13347:(2022), pp. 179-192. (Intervento presentato al convegno International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (IWBBIO) 2022 tenutosi a Gran Canaria nel Jun. 27-30, 2022) [10.1007/978-3-031-07802-6_16]. | 1-gen-2022 | Giannantoni LBardini RDi Carlo S | 2022.01.28.478198.full.pdf; 978-3-031-07802-6_16.pdf; paper_91.pdf |
Computational Tools for Applying Multi-level Models to Synthetic Biology / Bardini, R.; Politano, G.; Benso, A.; Di Carlo, S. - In: Synthetic Biology: Omics Tools and Their Applications / S. Singh. - STAMPA. - Singapore : Springer, 2018. - ISBN 978-981-10-8692-2. - pp. 95-112 [10.1007/978-981-10-8693-9_7] | 1-gen-2018 | R. BardiniG. PolitanoA. BensoS. Di Carlo | - |
GAGAM v1.2: An Improvement on Peak Labeling and Genomic Annotated Gene Activity Matrix Construction / Martini, Lorenzo; Bardini, Roberta; Savino, Alessandro; DI CARLO, Stefano. - In: GENES. - ISSN 2073-4425. - ELETTRONICO. - 14:1(2023). [10.3390/genes14010115] | 1-gen-2023 | Lorenzo MartiniRoberta BardiniAlessandro SavinoStefano Di Carlo | genes-14-00115.pdf |
GAGAM: A Genomic Annotation-Based Enrichment of scATAC-seq Data for Gene Activity Matrix / Martini, Lorenzo; Bardini, Roberta; Savino, Alessandro; DI CARLO, Stefano. - ELETTRONICO. - 13347:(2022), pp. 18-32. (Intervento presentato al convegno International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (IWBBIO) 2022 tenutosi a Gran Canaria nel Jun. 27-30, 2022) [10.1007/978-3-031-07802-6_2]. | 1-gen-2022 | Lorenzo MartiniRoberta BardiniAlessandro SavinoStefano Di Carlo | Martini2022_Chapter_GAGAMAGenomicAnnotation-BasedE.pdf; IWBBIO_2022___Single_Cell (2).pdf |
High-resolution sample size enrichment of single-cell multi-modal low-throughput Patch-seq datasets / Martini, Lorenzo; Bardini, Roberta; Savino, Alessandro; Di Carlo, Stefano. - ELETTRONICO. - (2022), pp. 2334-2341. (Intervento presentato al convegno 2022 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM) tenutosi a Las Vegas (USA) nel Dec. 6-8, 2022) [10.1109/BIBM55620.2022.9995529]. | 1-gen-2022 | Martini, LorenzoBardini, RobertaSavino, AlessandroDi Carlo, Stefano | High-resolution_sample_size_enrichment_of_single-cell_multi-modal_low-throughput_Patch-seq_datasets.pdf; 2022___IEEE_BIBM___Number_cells_enrichment (1).pdf |
Meta-Analysis of cortical inhibitory interneurons markers landscape and their performances in scRNA-seq studies / Martini, Lorenzo; Bardini, Roberta; DI CARLO, Stefano. - ELETTRONICO. - (2021), pp. 253-258. (Intervento presentato al convegno 2021 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM) tenutosi a Houston (USA) nel Dec. 9-12, 2021) [10.1109/bibm52615.2021.9669888]. | 1-gen-2021 | Lorenzo MartiniRoberta BardiniStefano Di Carlo | 2021___IEE_BIBM.pdf; Meta-Analysis_of_cortical_inhibitory_interneurons_markers_landscape_and_their_performances_in_scRNA-seq_studies..pdf |
Meta-analysis of Gene Activity (MAGA) Contributions and Correlation with Gene Expression, Through GAGAM / Martini, L.; Bardini, R.; Savino, A.; Di Carlo, S.. - ELETTRONICO. - 13920:(2023), pp. 193-207. (Intervento presentato al convegno 10th International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (IWBBIO 2023) tenutosi a Meloneras, Gran Canaria (ESP) nel 12-14 July 2023) [10.1007/978-3-031-34960-7_14]. | 1-gen-2023 | Martini L.Bardini R.Savino A.Di Carlo S. | 978-3-031-34960-7_14.pdf; IWBBIO23-MAGA.pdf |
Metodo computerizzato per generare protocolli di coltura per bio-manufacturing / Bardini, Roberta; Di Carlo, Stefano; Benso, Alfredo; Politano, Gianfranco. - (2020). | 1-gen-2020 | Bardini, RobertaDi Carlo, StefanoBenso, AlfredoPolitano, Gianfranco | - |
Metodo di simulazione via computer dell'ontogenesi di un sistema biologico e, opzionalmente, di generazione di un protocollo di coltura / Bardini, Roberta; Di Carlo, Stefano; Benso, Alfredo; Politano, Gianfranco. - (2019). | 1-gen-2019 | Bardini, RobertaDi Carlo, StefanoBenso, AlfredoPolitano, Gianfranco | - |
Modeling antibiotic resistance in the microbiota using Multi-level Petri Nets / Bardini, Roberta; DI CARLO, Stefano; Politano, GIANFRANCO MICHELE MARIA; Benso, Alfredo. - In: BMC SYSTEMS BIOLOGY. - ISSN 1752-0509. - ELETTRONICO. - 12:6(2018), pp. 1-21. [10.1186/s12918-018-0627-1] | 1-gen-2018 | Roberta BardiniStefano Di CarloGianfranco PolitanoAlfredo Benso | s12918-018-0627-1.pdf |
Modeling biological complexity using Biology System Description Language (BiSDL) / Muggianu, Flavia; Benso, A.; Bardini, R.; Hu, E.; Politano, G.; Carlo, S. Di. - STAMPA. - (2018), pp. 713-717. (Intervento presentato al convegno IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, BIBM 2018 tenutosi a Madrid, Spain nel 3-6 Dec. 2018) [10.1109/BIBM.2018.8621533]. | 1-gen-2018 | MUGGIANU, FLAVIABenso, A.Bardini, R.Politano, G.Carlo, S. Di + | PID5654585.pdf |
Multi-level and hybrid modelling approaches for systems biology / Bardini, Roberta; Politano, GIANFRANCO MICHELE MARIA; Benso, Alfredo; DI CARLO, Stefano. - In: COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL. - ISSN 2001-0370. - STAMPA. - 15:(2017), pp. 396-402. [10.1016/j.csbj.2017.07.005] | 1-gen-2017 | BARDINI, ROBERTAPOLITANO, GIANFRANCO MICHELE MARIABENSO, ALFREDODI CARLO, STEFANO | 1-s2.0-S2001037017300314-main.pdf |
Nets-within-nets for modeling emergent patterns in ontogenetic processes / Bardini, Roberta; Benso, Alfredo; Politano, Gianfranco; Di Carlo, Stefano. - In: COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL. - ISSN 2001-0370. - ELETTRONICO. - 19:(2021), pp. 5701-5721. [10.1016/j.csbj.2021.10.008] | 1-gen-2021 | Bardini, RobertaBenso, AlfredoPolitano, GianfrancoDi Carlo, Stefano | NWN_CElegans.pdf; 1-s2.0-S200103702100430X-main.pdf |
Using multi-level Petri nets models to simulate microbiota resistance to antibiotics / Bardini, R.; Politano, G.; Benso, A.; Di Carlo, S.. - STAMPA. - (2017), pp. 128-133. (Intervento presentato al convegno 2017 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM 2017) tenutosi a Kansas City, MO, USA nel 13-16 Nov. 2017) [10.1109/BIBM.2017.8217637]. | 1-gen-2017 | Bardini, R.Politano, G.Benso, A.Di Carlo, S. | camera_ready.pdf |
Using Nets-Within-Nets for Modeling Differentiating Cells in the Epigenetic Landscape / Bardini, Roberta; Benso, Alfredo; DI CARLO, Stefano; Politano, GIANFRANCO MICHELE MARIA; Savino, Alessandro. - STAMPA. - 9656:(2016), pp. 315-321. (Intervento presentato al convegno 4th International Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (IWBBIO) tenutosi a Granada, Spain nel April 20-22, 2016) [10.1007/978-3-319-31744-1_28]. | 1-gen-2016 | BARDINI, ROBERTABENSO, AlfredoDI CARLO, STEFANOPOLITANO, GIANFRANCO MICHELE MARIASAVINO, ALESSANDRO | IWBBIO.2106.PetriNets.pdf |