Archivio Istituzionale della RicercaFICARRA, ELISA
A Deep Learning Approach to the Screening of Oncogenic Gene Fusions in Humans
2019 Lovino, Marta; Urgese, Gianvito; Macii, Enrico; Di Cataldo, Santa; Ficarra, Elisa
A Molecular Dynamics study of a miRNA:mRNA interaction
2011 Paciello, Giulia; Acquaviva, Andrea; Ficarra, Elisa; Deriu, MARCO AGOSTINO; Macii, Enrico
A Novel Gaussian Extrapolation Approach for 2D Gel Electrophoresis Saturated Protein Spots
2012 Natale, Massimo; Caiazzo, A.; Bucci, E. M.; Ficarra, Elisa
A novel patient-derived tumorgraft model with TRAF1-ALK anaplastic large-cell lymphoma translocation
2015 F., Abate; M., Todaro; J. A., van der Krogt; M., Boi; I., Landra; R., Machiorlatti; F., Tabbò; K., Messana; A., Barreca; D., Novero; M., Gaudiano; S., Aliberti; F., Di Giacomo; T., Tousseyn; E., Lasorsa; R., Crescenzo; L., Bessone; Ficarra, Elisa; Acquaviva, Andrea; A., Rinaldi; M., Ponzoni; Dl, Longo; S., Aime; M., Cheng; B., Ruggeri; Pp, Piccaluga; S., Pileri; E., Tiacci; B., Falini; B., Pera Gresely; L., Cerchietti; J., Iqbal; Wc, Chan; Ld, Shultz; I., Kwee; R., Piva; I., Wlodarska; R., Rabadan; F., Bertoni; G., Inghirami; The European T., cell Lymphoma Study Group
A survey on data integration for multi-omics sample clustering
2022 Lovino, M.; Randazzo, V.; Ciravegna, G.; Barbiero, P.; Ficarra, E.; Cirrincione, G.
Acceleration of Coarse Grain Molecular Dynamics on GPU Architectures
2013 Shkurti, Ardita; Mario, Orsi; Macii, Enrico; Ficarra, Elisa; Acquaviva, Andrea
Achieving the Way for Automated Segmentation of Nuclei in Cancer Tissue Images through Morphology-Based Approach: a Quantitative Evaluation
2010 DI CATALDO, Santa; Ficarra, Elisa; Acquaviva, Andrea; Macii, E.
ALK signaling and target therapy in anaplastic large cell lymphoma
2012 F., Tabbó; A., Barreca; R., Piva; G., Inghirami; R., Bruna; D., Corino; D., Cortese; R., Crescenzo; G., Cuccuru; F., Di Giacomo; A., Fioravanti; M., Ladetto; I., Landra; K., Messana; R., Machiorlatti; B., Martinoglio; E., Medico; M., Mossino; E., Pellegrino; M., Todaro; P., Campisi; L., Chiusa; A., Chiappella; D., Novero; U., Vitolo; Abate, Francesco; Acquaviva, Andrea; Ficarra, Elisa; R., Freilone; M., Chilosi; A., Zamó; F., Facchetti; S., Lonardi; A., De Chiara; F., Fulciniti; C., Doglioni; M., Ponzoni; L., Agnelli; A., Neri; K., Todoerti; C., Agostinelli; P. P., Piccaluga; S., Pileri; B., Falini; E., Tiacci; P., Van Loo; T., Tousseyn; C., De Wolf Peeters; E., Geissinger; H. K., Muller Hermelink; A., Rosenwald; M. A., Pirisand; M. E., Rodriguez; F., Bertoni; M., Boi; I., Kwee
An automated approach to the segmentation of HEp-2 cells for the indirect immunofluorescence ANA test
2015 Tonti, Simone; DI CATALDO, Santa; Bottino, ANDREA GIUSEPPE; Ficarra, Elisa
ANAlyte: a modular image analysis tool for ANA testing with Indirect Immunofluorescence
2016 DI CATALDO, Santa; Tonti, Simone; Bottino, ANDREA GIUSEPPE; Ficarra, Elisa
Aneuploid acute myeloid leukemia exhibits a signature of genomic alterations in the cell cycle and protein degradation machinery
2019 Simonetti, Giorgia; Padella, Antonella; do Valle, Italo Farìa; Fontana, Maria Chiara; Fonzi, Eugenio; Bruno, Samantha; Baldazzi, Carmen; Guadagnuolo, Viviana; Manfrini, Marco; Ferrari, Anna; Paolini, Stefania; Papayannidis, Cristina; Marconi, Giovanni; Franchini, Eugenia; Zuffa, Elisa; Laginestra, Maria Antonella; Zanotti, Federica; Astolfi, Annalisa; Iacobucci, Ilaria; Bernardi, Simona; Sazzini, Marco; Ficarra, Elisa; Hernandez, Jesus Maria; Vandenberghe, Peter; Cools, Jan; Bullinger, Lars; Ottaviani, Emanuela; Testoni, Nicoletta; Cavo, Michele; Haferlach, Torsten; Castellani, Gastone; Remondini, Daniel; Martinelli, Giovanni
Automated DNA Fragments Recognition and Sizing through AFM Image Processing
2005 Ficarra, Elisa; Benini, L; Macii, Enrico; Zuccheri, G.
Automated Segmentation of Cells with IHC Membrane Staining
2011 Ficarra, Elisa; DI CATALDO, Santa; Acquaviva, Andrea; Macii, Enrico
Automated segmentation of tissue images for computerized IHC analysis
2010 DI CATALDO, Santa; Ficarra, Elisa; Acquaviva, Andrea; Macii, Enrico
Automatic Intrinsic DNA Curvature Computation from AFM Images
2005 Ficarra, Elisa; Masotti, D; Benini, L; Macii, Enrico; Zuccheri, G; Samori, B.
Bellerophontes: a RNA-seq data analysis framework tor chimeric transcripts discovery base on accurate fusion model
2012 Abate, Francesco; Acquaviva, Andrea; Paciello, Giulia; Foti, Carmelo; Ficarra, Elisa; Ferrarini, A.; Delle donne, M.; Iacobucci, I.; Soverini, S.; Martinelli, G.; Macii, Enrico
BioSeqZip: a collapser of NGS redundant reads for the optimisation of sequence analysis
2020 Urgese, Gianvito; Parisi, Emanuele; Scicolone, Orazio; Di Cataldo, Santa; Ficarra, Elisa
Computational Methods for CLIP-seq Data Processing
2014 Paula H., Reyes Herrera; Ficarra, Elisa
Computer-aided techniques for Chromogenic Immunohistochemistry: Status and Directions
2012 DI CATALDO, Santa; Ficarra, Elisa; Macii, Enrico
Convergent Mutations and Kinase Fusions Lead to Oncogenic STAT3 Activation in Anaplastic Large Cell Lymphoma
2015 Ramona, Crescenzo; Francesco, Abate; Elena, Lasorsa; Fabrizio, Tabbo’; Marcello, Gaudiano; Nicoletta, Chiesa; Filomena Di, Giacomo; Elisa, Spaccarotella; Luigi, Barbarossa; Elisabetta, Ercole; Maria, Todaro; Michela, Boi; Acquaviva, Andrea; Ficarra, Elisa; Domenico, Novero; Andrea, Rinaldi; Thomas, Tousseyn; Andreas, Rosenwald; Lukas, Kenner; Lorenzo, Cerroni; Alexander, Tzankov; Maurilio, Ponzoni; Marco, Paulli; Dennis, Weisenburger; Wing C., Chan; Javeed, Iqbal; Miguel A., Piris; Alberto, Zamo’; Carmela, Ciardullo; Davide, Rossi; Gianluca, Gaidano; Stefano, Pileri; Enrico, Tiacci; Brunangelo, Falini; Leonard D., Shultz; Laurence, Mevellec; Jorge E., Vialard; Roberto, Piva; Francesco, Bertoni; Raul, Rabadan; Giorgio, Inghirami
| Citazione | Data di pubblicazione | Autori | File |
|---|---|---|---|
| A Deep Learning Approach to the Screening of Oncogenic Gene Fusions in Humans / Lovino, Marta; Urgese, Gianvito; Macii, Enrico; Di Cataldo, Santa; Ficarra, Elisa. - In: INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES. - ISSN 1422-0067. - ELETTRONICO. - 20:7(2019), pp. 1-13. [10.3390/ijms20071645] | 1-gen-2019 | Lovino, MartaUrgese, GianvitoMacii, EnricoDi Cataldo, SantaFicarra, Elisa | ijms-20-01645-v2.pdf |
| A Molecular Dynamics study of a miRNA:mRNA interaction / Paciello, Giulia; Acquaviva, Andrea; Ficarra, Elisa; Deriu, MARCO AGOSTINO; Macii, Enrico. - In: JOURNAL OF MOLECULAR MODELING. - ISSN 1610-2940. - STAMPA. - 17:11(2011), pp. 2895-2906. [10.1007/s00894-011-0991-x] | 1-gen-2011 | PACIELLO, GIULIAACQUAVIVA, ANDREAFICARRA, ELISADERIU, MARCO AGOSTINOMACII, Enrico | - |
| A Novel Gaussian Extrapolation Approach for 2D Gel Electrophoresis Saturated Protein Spots / Natale, Massimo; Caiazzo, A.; Bucci, E. M.; Ficarra, Elisa. - In: GENOMICS, PROTEOMICS & BIOINFORMATICS. - ISSN 1672-0229. - (2012), pp. 336-344. [10.1016/j.gpb.2012.06.005] | 1-gen-2012 | NATALE, MASSIMOFICARRA, ELISA + | 2012 - A novel gaussian extrapolation approach for 2D gel electrophoresis saturated protein spots - porto.pdf |
| A novel patient-derived tumorgraft model with TRAF1-ALK anaplastic large-cell lymphoma translocation / F., Abate; M., Todaro; J. A., van der Krogt; M., Boi; I., Landra; R., Machiorlatti; F., Tabbò; K., Messana; A., Barreca; D., Novero; M., Gaudiano; S., Aliberti; F., Di Giacomo; T., Tousseyn; E., Lasorsa; R., Crescenzo; L., Bessone; Ficarra, Elisa; Acquaviva, Andrea; A., Rinaldi; M., Ponzoni; Dl, Longo; S., Aime; M., Cheng; B., Ruggeri; Pp, Piccaluga; S., Pileri; E., Tiacci; B., Falini; B., Pera Gresely; L., Cerchietti; J., Iqbal; Wc, Chan; Ld, Shultz; I., Kwee; R., Piva; I., Wlodarska; R., Rabadan; F., Bertoni; G., Inghirami; The European T., cell Lymphoma Study Group. - In: LEUKEMIA. - ISSN 0887-6924. - STAMPA. - 29:6(2015), pp. 1390-1401. [10.1038/leu.2014.347] | 1-gen-2015 | FICARRA, ELISAACQUAVIVA, ANDREA + | leu2014347_2015_Inghirami.pdf |
| A survey on data integration for multi-omics sample clustering / Lovino, M.; Randazzo, V.; Ciravegna, G.; Barbiero, P.; Ficarra, E.; Cirrincione, G.. - In: NEUROCOMPUTING. - ISSN 0925-2312. - ELETTRONICO. - 488:(2022), pp. 494-508. [10.1016/j.neucom.2021.11.094] | 1-gen-2022 | Lovino M.Randazzo V.Ficarra E.Cirrincione G. + | Randazzo-ASurvey.pdf |
| Acceleration of Coarse Grain Molecular Dynamics on GPU Architectures / Shkurti, Ardita; Mario, Orsi; Macii, Enrico; Ficarra, Elisa; Acquaviva, Andrea. - In: JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY. - ISSN 0192-8651. - STAMPA. - 34:10(2013), pp. 803-818. [10.1002/jcc.23183] | 1-gen-2013 | SHKURTI, ARDITAMACII, EnricoFICARRA, ELISAACQUAVIVA, ANDREA + | jccSHKURTI.pdf |
| Achieving the Way for Automated Segmentation of Nuclei in Cancer Tissue Images through Morphology-Based Approach: a Quantitative Evaluation / DI CATALDO, Santa; Ficarra, Elisa; Acquaviva, Andrea; Macii, E.. - In: COMPUTERIZED MEDICAL IMAGING AND GRAPHICS. - ISSN 0895-6111. - 34:(2010), pp. 453-461. [10.1016/j.compmedimag.2009.12.008] | 1-gen-2010 | DI CATALDO, SANTAFICARRA, ELISAACQUAVIVA, ANDREAMACII E. | draftCMIG_2011_PORTO.pdf |
| ALK signaling and target therapy in anaplastic large cell lymphoma / F., Tabbó; A., Barreca; R., Piva; G., Inghirami; R., Bruna; D., Corino; D., Cortese; R., Crescenzo; G., Cuccuru; F., Di Giacomo; A., Fioravanti; M., Ladetto; I., Landra; K., Messana; R., Machiorlatti; B., Martinoglio; E., Medico; M., Mossino; E., Pellegrino; M., Todaro; P., Campisi; L., Chiusa; A., Chiappella; D., Novero; U., Vitolo; Abate, Francesco; Acquaviva, Andrea; Ficarra, Elisa; R., Freilone; M., Chilosi; A., Zamó; F., Facchetti; S., Lonardi; A., De Chiara; F., Fulciniti; C., Doglioni; M., Ponzoni; L., Agnelli; A., Neri; K., Todoerti; C., Agostinelli; P. P., Piccaluga; S., Pileri; B., Falini; E., Tiacci; P., Van Loo; T., Tousseyn; C., De Wolf Peeters; E., Geissinger; H. K., Muller Hermelink; A., Rosenwald; M. A., Pirisand; M. E., Rodriguez; F., Bertoni; M., Boi; I., Kwee. - In: FRONTIERS IN ONCOLOGY. - ISSN 2234-943X. - (2012). [10.3389/fonc.2012.00041] | 1-gen-2012 | ABATE, FRANCESCOACQUAVIVA, ANDREAFICARRA, ELISA + | - |
| An automated approach to the segmentation of HEp-2 cells for the indirect immunofluorescence ANA test / Tonti, Simone; DI CATALDO, Santa; Bottino, ANDREA GIUSEPPE; Ficarra, Elisa. - In: COMPUTERIZED MEDICAL IMAGING AND GRAPHICS. - ISSN 0895-6111. - 40:0(2015), pp. 62-69. [10.1016/j.compmedimag.2014.12.005] | 1-gen-2015 | TONTI, SIMONEDI CATALDO, SANTABOTTINO, ANDREA GIUSEPPEFICARRA, ELISA | Manuscript_CMIG_revisedFinal.pdf; An automated approach to the segmentation of HEp-2 cells for the indirect immunofluorescence ANA test.pdf |
| ANAlyte: a modular image analysis tool for ANA testing with Indirect Immunofluorescence / DI CATALDO, Santa; Tonti, Simone; Bottino, ANDREA GIUSEPPE; Ficarra, Elisa. - In: COMPUTER METHODS AND PROGRAMS IN BIOMEDICINE. - ISSN 0169-2607. - STAMPA. - 128:(2016), pp. 86-99. [10.1016/j.cmpb.2016.02.005] | 1-gen-2016 | DI CATALDO, SANTATONTI, SIMONEBOTTINO, ANDREA GIUSEPPEFICARRA, ELISA | manuscript_cmpb_accepted.pdf; ANAlyte A modular image analysis tool for ANA testing with indirect immunofluorescence.pdf |
| Aneuploid acute myeloid leukemia exhibits a signature of genomic alterations in the cell cycle and protein degradation machinery / Simonetti, Giorgia; Padella, Antonella; do Valle, Italo Farìa; Fontana, Maria Chiara; Fonzi, Eugenio; Bruno, Samantha; Baldazzi, Carmen; Guadagnuolo, Viviana; Manfrini, Marco; Ferrari, Anna; Paolini, Stefania; Papayannidis, Cristina; Marconi, Giovanni; Franchini, Eugenia; Zuffa, Elisa; Laginestra, Maria Antonella; Zanotti, Federica; Astolfi, Annalisa; Iacobucci, Ilaria; Bernardi, Simona; Sazzini, Marco; Ficarra, Elisa; Hernandez, Jesus Maria; Vandenberghe, Peter; Cools, Jan; Bullinger, Lars; Ottaviani, Emanuela; Testoni, Nicoletta; Cavo, Michele; Haferlach, Torsten; Castellani, Gastone; Remondini, Daniel; Martinelli, Giovanni. - In: CANCER. - ISSN 0008-543X. - ELETTRONICO. - 125:5(2019), pp. 712-725. [10.1002/cncr.31837] | 1-gen-2019 | Ficarra, Elisa + | Simonetti_et_al-2019-Cancer.pdf |
| Automated DNA Fragments Recognition and Sizing through AFM Image Processing / Ficarra, Elisa; Benini, L; Macii, Enrico; Zuccheri, G.. - In: IEEE TRANSACTIONS ON INFORMATION TECHNOLOGY IN BIOMEDICINE. - ISSN 1089-7771. - 9(4):(2005), pp. 508-517. [10.1109/TITB.2005.855546] | 1-gen-2005 | FICARRA, ELISAMACII, Enrico + | draftTITB_2005.pdf |
| Automated Segmentation of Cells with IHC Membrane Staining / Ficarra, Elisa; DI CATALDO, Santa; Acquaviva, Andrea; Macii, Enrico. - In: IEEE TRANSACTIONS ON BIOMEDICAL ENGINEERING. - ISSN 0018-9294. - STAMPA. - 58:5(2011), pp. 1421-1429. [10.1109/TBME.2011.2106499] | 1-gen-2011 | FICARRA, ELISADI CATALDO, SANTAACQUAVIVA, ANDREAMACII, Enrico | draftTBME_2011_PORTO.pdf |
| Automated segmentation of tissue images for computerized IHC analysis / DI CATALDO, Santa; Ficarra, Elisa; Acquaviva, Andrea; Macii, Enrico. - In: COMPUTER METHODS AND PROGRAMS IN BIOMEDICINE. - ISSN 0169-2607. - STAMPA. - 100:(2010), pp. 1-15. [10.1016/j.cmpb.2010.02.002] | 1-gen-2010 | DI CATALDO, SANTAFICARRA, ELISAACQUAVIVA, ANDREAMACII, Enrico | draftCMPB_2010_PORTO.pdf |
| Automatic Intrinsic DNA Curvature Computation from AFM Images / Ficarra, Elisa; Masotti, D; Benini, L; Macii, Enrico; Zuccheri, G; Samori, B.. - In: IEEE TRANSACTIONS ON BIOMEDICAL ENGINEERING. - ISSN 0018-9294. - 52(12):(2005), pp. 2074-2086. [10.1109/TBME.2005.857666] | 1-gen-2005 | FICARRA, ELISAMACII, Enrico + | draftTBME_2005.pdf |
| Bellerophontes: a RNA-seq data analysis framework tor chimeric transcripts discovery base on accurate fusion model / Abate, Francesco; Acquaviva, Andrea; Paciello, Giulia; Foti, Carmelo; Ficarra, Elisa; Ferrarini, A.; Delle donne, M.; Iacobucci, I.; Soverini, S.; Martinelli, G.; Macii, Enrico. - In: BIOINFORMATICS. - ISSN 1367-4803. - STAMPA. - 28:16(2012), pp. 2114-2121. [10.1093/bioinformatics/bts334] | 1-gen-2012 | ABATE, FRANCESCOACQUAVIVA, ANDREAPACIELLO, GIULIAFOTI, CARMELOFICARRA, ELISAMACII, Enrico + | - |
| BioSeqZip: a collapser of NGS redundant reads for the optimisation of sequence analysis / Urgese, Gianvito; Parisi, Emanuele; Scicolone, Orazio; Di Cataldo, Santa; Ficarra, Elisa. - In: BIOINFORMATICS. - ISSN 1367-4803. - ELETTRONICO. - (2020). [10.1093/bioinformatics/btaa051] | 1-gen-2020 | Urgese, GianvitoParisi, EmanueleScicolone, OrazioDi Cataldo, SantaFicarra, Elisa | btaa051.pdf |
| Computational Methods for CLIP-seq Data Processing / Paula H., Reyes Herrera; Ficarra, Elisa. - In: BIOINFORMATICS AND BIOLOGY INSIGHTS. - ISSN 1177-9322. - ELETTRONICO. - 8:(2014), pp. 199-207. [10.4137/BBI.S16803] | 1-gen-2014 | FICARRA, ELISA + | f_4405-BBI-Computational-Methods-for-CLIP-seq-Data-Processing.pdf_5881.pdf |
| Computer-aided techniques for Chromogenic Immunohistochemistry: Status and Directions / DI CATALDO, Santa; Ficarra, Elisa; Macii, Enrico. - In: COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE. - ISSN 0010-4825. - 42:10(2012), pp. 1012-1025. [10.1016/j.compbiomed.2012.08.004] | 1-gen-2012 | DI CATALDO, SANTAFICARRA, ELISAMACII, Enrico | draftCBME_2012_porto.pdf |
| Convergent Mutations and Kinase Fusions Lead to Oncogenic STAT3 Activation in Anaplastic Large Cell Lymphoma / Ramona, Crescenzo; Francesco, Abate; Elena, Lasorsa; Fabrizio, Tabbo’; Marcello, Gaudiano; Nicoletta, Chiesa; Filomena Di, Giacomo; Elisa, Spaccarotella; Luigi, Barbarossa; Elisabetta, Ercole; Maria, Todaro; Michela, Boi; Acquaviva, Andrea; Ficarra, Elisa; Domenico, Novero; Andrea, Rinaldi; Thomas, Tousseyn; Andreas, Rosenwald; Lukas, Kenner; Lorenzo, Cerroni; Alexander, Tzankov; Maurilio, Ponzoni; Marco, Paulli; Dennis, Weisenburger; Wing C., Chan; Javeed, Iqbal; Miguel A., Piris; Alberto, Zamo’; Carmela, Ciardullo; Davide, Rossi; Gianluca, Gaidano; Stefano, Pileri; Enrico, Tiacci; Brunangelo, Falini; Leonard D., Shultz; Laurence, Mevellec; Jorge E., Vialard; Roberto, Piva; Francesco, Bertoni; Raul, Rabadan; Giorgio, Inghirami. - In: CANCER CELL. - ISSN 1535-6108. - STAMPA. - 27:4(2015), pp. 516-532. [10.1016/j.ccell.2015.03.006] | 1-gen-2015 | ACQUAVIVA, ANDREAFICARRA, ELISA + | Cancer Cell_2015_Inghirami.pdf |