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Binding free energy calculation via Molecular Dynamics simulations for a miRNA:mRNA interaction / Paciello, Giulia; Acquaviva, Andrea; Ficarra, Elisa; Deriu, MARCO AGOSTINO; Macii, Enrico. - STAMPA. - (2011), pp. 318-321. ((Intervento presentato al convegno Bioinformatics 2011, International Conference on Bioinformatics Models Methods and Algorithms tenutosi a Rome (IT) nel 26 - 29 January 2011. 1-gen-2011 PACIELLO, GIULIAACQUAVIVA, ANDREAFICARRA, ELISADERIU, MARCO AGOSTINOMACII, Enrico -
A novel framework for chimeric transcript detection based on accurate gene fusion model / Abate, Francesco; Acquaviva, Andrea; Ficarra, Elisa; Paciello, Giulia; Macii, Enrico; A., Ferrarini; M., Delledonne; S., Soverini; G., Martinelli. - STAMPA. - (2011), pp. 34-41. ((Intervento presentato al convegno IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine tenutosi a Atlanta, Georgia (USA) nel 12-15 Nov. 2011 [10.1109/BIBMW.2011.6112352]. 1-gen-2011 ABATE, FRANCESCOACQUAVIVA, ANDREAFICARRA, ELISAPACIELLO, GIULIAMACII, Enrico + 2443775-mod.pdf
A Molecular Dynamics study of a miRNA:mRNA interaction / Paciello, Giulia; Acquaviva, Andrea; Ficarra, Elisa; Deriu, MARCO AGOSTINO; Macii, Enrico. - In: JOURNAL OF MOLECULAR MODELING. - ISSN 1610-2940. - STAMPA. - 17:11(2011), pp. 2895-2906. [10.1007/s00894-011-0991-x] 1-gen-2011 PACIELLO, GIULIAACQUAVIVA, ANDREAFICARRA, ELISADERIU, MARCO AGOSTINOMACII, Enrico -
Bellerophontes: a RNA-seq data analysis framework tor chimeric transcripts discovery base on accurate fusion model / Abate, Francesco; Acquaviva, Andrea; Paciello, Giulia; Foti, Carmelo; Ficarra, Elisa; Ferrarini, A.; Delle donne, M.; Iacobucci, I.; Soverini, S.; Martinelli, G.; Macii, Enrico. - In: BIOINFORMATICS. - ISSN 1367-4803. - STAMPA. - 28:16(2012), pp. 2114-2121. [10.1093/bioinformatics/bts334] 1-gen-2012 ABATE, FRANCESCOACQUAVIVA, ANDREAPACIELLO, GIULIAFOTI, CARMELOFICARRA, ELISAMACII, Enrico + Bioinformatics-2012-Abate-2114-21.pdfBioinformatics-2012-Macii2114-21-1.pdf
Multiscale Modelling of Cellular Actin Filaments: From Atomistic Molecular to Coarse Grained Dynamics / Deriu, MARCO AGOSTINO; Shkurti, Ardita; Paciello, Giulia; Bidone, TAMARA CARLA; Morbiducci, Umberto; Ficarra, Elisa; Audenino, Alberto; Acquaviva, Andrea. - In: PROTEINS. - ISSN 0887-3585. - ELETTRONICO. - 80:6(2012), pp. 1598-1609. [10.1002/prot.24053] 1-gen-2012 DERIU, MARCO AGOSTINOSHKURTI, ARDITAPACIELLO, GIULIABIDONE, TAMARA CARLAMORBIDUCCI, UMBERTOFICARRA, ELISAAUDENINO, AlbertoACQUAVIVA, ANDREA -
A NOVEL ANALYSIS FLOW FOR FUSED TRANSCRIPTS DISCOVERY FROM PAIRED-END RNA-SEQ DATA / Abate, Francesco; Paciello, Giulia; Acquaviva, Andrea; Ficarra, Elisa; Ferrarini, A.; Delledonne, M.; Macii, Enrico. - STAMPA. - (2012), pp. 331-334. ((Intervento presentato al convegno International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms (BIOINFORMATICS 2012) tenutosi a Vilamoura, Algarve (Portugal) nel 1-4 February 2012 [10.5220/0003789003310334]. 1-gen-2012 ABATE, FRANCESCOPACIELLO, GIULIAACQUAVIVA, ANDREAFICARRA, ELISAMACII, Enrico + -
A novel pipeline for V(D)J junction identification using RNA-Seq paired-end reads / Paciello, Giulia; Ficarra, Elisa; Alberto, Zamò; Chiara, Pighi; Carmelo, Foti; Abate, Francesco; Macii, Enrico; Acquaviva, Andrea. - STAMPA. - (2013). ((Intervento presentato al convegno Bioinformatics 2013, International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms tenutosi a Barcelona, Spain nel 11-14 February 2013. 1-gen-2013 PACIELLO, GIULIAFICARRA, ELISAABATE, FRANCESCOMACII, EnricoACQUAVIVA, ANDREA + Biostec_camera_ready.pdf
Next-Generation Sequencing Analysis Revealed That BCL11B Chromosomal Translocation Cooperates with Point Mutations in the Pathogenesis of Acute Myeloid Leukemia / Antonella, Padella; Giorgia, Simonetti; Viviana, Guadagnuolo; Emanuela, Ottaviani; Anna, Ferrari; Elisa, Zago; Francesca, Griggio; Marianna, Garonzi; Paciello, Giulia; Simona, Bernardi; Carmen, Baldazzi; Cristina, Papayannidis; Maria Chiara, Abbenante; Francesca, Volpato; Raffaele, Calogero; Nicoletta, Testoni; Ficarra, Elisa; Alberto, Ferrarini; Massimo, Delledonne; Ilaria, Iacobucci; Giovanni, Martinelli. - In: BLOOD. - ISSN 0006-4971. - ELETTRONICO. - 124:21(2014). 1-gen-2014 PACIELLO, GIULIAFICARRA, ELISA + -
miR-SEA: miRNA Seed Extension based Aligner Pipeline for NGS Expression Level Extraction / Urgese, Gianvito; Paciello, Giulia; Isella, C.; Medico, E.; Macii, Enrico; Ficarra, Elisa; Acquaviva, Andrea. - STAMPA. - 2:(2014), pp. 1015-1026. ((Intervento presentato al convegno 2nd International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (IWBBIO 2014) tenutosi a Granada nel April 7-9 2014. 1-gen-2014 URGESE, GIANVITOPACIELLO, GIULIAMACII, EnricoFICARRA, ELISAACQUAVIVA, ANDREA + IWBBIO_2014_paper_105.pdf
Dynamic Gap Selector: A Smith Waterman Sequence Alignment Algorithm with Affine Gap Model Optimisation / Urgese, Gianvito; Paciello, Giulia; Acquaviva, Andrea; Ficarra, Elisa; Graziano, Mariagrazia; Zamboni, Maurizio. - STAMPA. - 2:(2014), pp. 1347-1358. ((Intervento presentato al convegno 2nd International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (IWBBIO 2014) tenutosi a Granada nel April 7-9 2014. 1-gen-2014 URGESE, GIANVITOPACIELLO, GIULIAACQUAVIVA, ANDREAFICARRA, ELISAGRAZIANO, MARIAGRAZIAZAMBONI, Maurizio IWBBIO_2014_paper_143.pdf
A Novel Pipeline for Identification and Prioritization of Gene Fusions in Patient-derived Xenografts of Metastatic Colorectal Cancer / Paciello, Giulia; Acquaviva, Andrea; Consalvo, Petti; Claudio, Isella; Enzo, Medico; Ficarra, Elisa. - (2014), pp. 142-148. ((Intervento presentato al convegno BIOSTEC 2014 tenutosi a Eseo, Angers, Loire Valley, France nel 3-6 March 2014 [10.5220/0004799401420148]. 1-gen-2014 PACIELLO, GIULIAACQUAVIVA, ANDREAFICARRA, ELISA + -
VDJSeq-Solver: In Silico V(D)J Recombination Detection tool / Paciello, Giulia; Acquaviva, Andrea; Chiara, Pighi; Alberto, Ferrarini; Macii, Enrico; Alberto, Zamò; Ficarra, Elisa. - In: PLOS ONE. - ISSN 1932-6203. - ELETTRONICO. - 10:3(2015), pp. 1-26. [10.1371/journal.pone.0118192] 1-gen-2015 PACIELLO, GIULIAACQUAVIVA, ANDREAMACII, EnricoFICARRA, ELISA + VDJSeq-Solver.pdf
RNA Sequencing Reveals Novel and Rare Fusion Transcripts in Acute Myeloid Leukemia / Padella, A.; Simonetti, G.; Paciello, Giulia; Ferrari, A.; Zago, E.; Baldazzi, C.; Guadagnuolo, V.; Papayannidis, C.; Robustelli, V.; Imbrogno, E.; Testoni, N.; Musuraca, G.; Soverini, S.; Delledonne, M.; Iacobucci, I.; Storlazzi, C. T.; Ficarra, Elisa; Martinelli, G.. - In: BLOOD. - ISSN 0006-4971. - 126:(2015), pp. 3627-3627. 1-gen-2015 PACIELLO, GIULIAFICARRA, ELISA + -
On the relevance of a complete characterisation of miRNAs, isomiRs and miRNA-mRNA interaction sites through miRNA-specific alignment tools / Urgese, Gianvito; Paciello, Giulia; Ficarra, Elisa; Macii, Enrico; Acquaviva, Andrea. - ELETTRONICO. - (2015). ((Intervento presentato al convegno RNAi 2015: Short & Long Non-coding RNAs, 10th International Conference & Exhibition tenutosi a Oxford (UK) nel 24-26 March 2015. 1-gen-2015 URGESE, GIANVITOPACIELLO, GIULIAFICARRA, ELISAMACII, EnricoACQUAVIVA, ANDREA Urgese-RNAi15_2.pdf
Directly linking non-coding SNPs to changes in epithelial enhancer activity / Jacobs, J.; Christiaens, ; V, .; Potier, ; D, .; Svetlichnyy, ; D, .; Romanelli, ; L, .; Taskiran, Ihsan; I, .; Paciello, Giulia; G, .; Aerts,. - (2016). ((Intervento presentato al convegno EMBL Transcription and Chromatin, Edition 12 tenutosi a Heidelberg nel 27-30 Aug 2016. 1-gen-2016 PACIELLO, GIULIA + -
Detection of rearranged light chain sequences by RNA-Seq in B-cell lymphomas and reactive lymphadenopathies / Paciello, Giulia; Pighi, C.; Ficarra, Elisa; Zamo', A.. - (2016). ((Intervento presentato al convegno EAHP 2016: 18th Meeting of the European Association for Hemathopathology tenutosi a Basilea nel 3-8 Sept. 2016. 1-gen-2016 PACIELLO, GIULIAFICARRA, ELISA + -
A COMBINED APPROACH TO DETECT RARE FUSION EVENTS IN ACUTE MYELOID LEUKEMIA / A., Padella; G., Simonetti; Paciello, Giulia; A., Ferrari; E., Zago; C., Baldazzi; V., Guadagnuolo; C., Papayannidis; V., Robustelli; E., Imbrogno; N., Testoni; M., Cavo; M., Delledonne; I., Iacobucci; Ct, Storlazzi; Ficarra, Elisa; G., Martinelli. - In: HAEMATOLOGICA. - ISSN 0390-6078. - ELETTRONICO. - 101:(2016), pp. 666-667. ((Intervento presentato al convegno 21st Congress Of The European Hematology Association tenutosi a Copenhagen, Denmark nel June 9–12, 2016. 1-gen-2016 PACIELLO, GIULIAFICARRA, ELISA + -
Novel fusion transcripts identified by RNAseq cooperate with somatic mutations in the pathogenesis of acute myeloid leukemia / Antonella, Padella; Giorgia, Simonetti; Anna, Ferrari; Paciello, Giulia; Elisa, Zago; Carmen, Baldazzi; Viviana, Guadagnuolo; Cristina, Papayannidis; Valentina, Robustelli; Enrica, Imbrogno; Nicoletta, Testoni; Massimo, Delledonne; Ilaria, Iacobucci; Tiziana Clelia, Storlazzi; Ficarra, Elisa; Pier Luigi, Lollini; Giovanni, Martinelli. - In: CANCER RESEARCH. - ISSN 1538-7445. - 76:14(2016), pp. 113-113. [10.1158/1538-7445.AM2016-113] 1-gen-2016 PACIELLO, GIULIAFICARRA, ELISA + -
The Genomic and Transcriptomic Landscape of Systemic Mastocytosis / Simona, Soverini; Caterina De, Benedittis; Michela, Rondoni; Cristina, Papayannidis; Ficarra, Elisa; Paciello, Giulia; Marco, Manfrini; Manuela, Mancini; Roberta, Zanotti; Luigi, Scaffidi; Giorgina, Specchia; Francesco, Albano; Serena, Merante; Chiara, Elena; Livio, Pagano; Domenica, Gangemi; Patrizia, Tosi; Luana, Bavaro. - In: BLOOD. - ISSN 0006-4971. - 128:22(2016). [10.1182/blood.V128.22.3136.3136] 1-gen-2016 FICARRA, ELISAPACIELLO, GIULIA + -
isomiR-SEA: An RNA-Seq analysis tool for miRNAs/isomiRs expression level profiling and miRNA-mRNA interaction sites evaluation / Urgese, Gianvito; Paciello, Giulia; Acquaviva, Andrea; Ficarra, Elisa. - In: BMC BIOINFORMATICS. - ISSN 1471-2105. - ELETTRONICO. - 17:148(2016). [10.1186/s12859-016-0958-0] 1-gen-2016 URGESE, GIANVITOPACIELLO, GIULIAACQUAVIVA, ANDREAFICARRA, ELISA s12859-016-0958-0.pdf
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