Archivio Istituzionale della RicercaSfoglia per Rivista GENOME BIOLOGY
A critical assessment of Mus musculus gene function prediction using integrated genomic evidence
2008 Lourdes Peña, Castillo; Murat, Tasan; Chad L., Myers; Hyunju, Lee; Trupti, Joshi; Chao, Zhang; Yuanfang, Guan; Michele, Leone; Pagnani, Andrea; Wan, Kim; Chase, Krumpelman; Weidong, Tian; Guillaume, Obozinski; Yanjun, Qi; Sara, Mostafavi; Guan, Lin; Gabriel F., Berriz; Francis D., Gibbons; Gert, Lanckriet; Jian, Qiu; Charles, Grant; Zafer, Barutcuoglu; David P., Hill; David Warde, Farley; Chris, Grouios; Debajyoti, Ray; Judith A., Blake; Minghua, Deng; Michael I., Jordan; William S., Noble; Quaid, Morris; Judith Klein, Seetharaman; Ziv Bar, Joseph; Ting, Chen; Fengzhu, Sun; Olga G., Troyanskaya; Edward M., Marcotte; Dong, Xu; Timothy R., Hughes; Frederick P., Roth
The CAFA challenge reports improved protein function prediction and new functional annotations for hundreds of genes through experimental screens
2019 Zhou, N.; Jiang, Y.; Bergquist, T. R.; Lee, A. J.; Kacsoh, B. Z.; Crocker, A. W.; Lewis, K. A.; Georghiou, G.; Nguyen, H. N.; Hamid, M. N.; Davis, L.; Dogan, T.; Atalay, V.; Rifaioglu, A. S.; Dalklran, A.; Cetin Atalay, R.; Zhang, C.; Hurto, R. L.; Freddolino, P. L.; Zhang, Y.; Bhat, P.; Supek, F.; Fernandez, J. M.; Gemovic, B.; Perovic, V. R.; Davidovic, R. S.; Sumonja, N.; Veljkovic, N.; Asgari, E.; Mofrad, M. R. K.; Profiti, G.; Savojardo, C.; Martelli, P. L.; Casadio, R.; Boecker, F.; Schoof, H.; Kahanda, I.; Thurlby, N.; Mchardy, A. C.; Renaux, A.; Saidi, R.; Gough, J.; Freitas, A. A.; Antczak, M.; Fabris, F.; Wass, M. N.; Hou, J.; Cheng, J.; Wang, Z.; Romero, A. E.; Paccanaro, A.; Yang, H.; Goldberg, T.; Zhao, C.; Holm, L.; Toronen, P.; Medlar, A. J.; Zosa, E.; Borukhov, I.; Novikov, I.; Wilkins, A.; Lichtarge, O.; Chi, P. -H.; Tseng, W. -C.; Linial, M.; Rose, P. W.; Dessimoz, C.; Vidulin, V.; Dzeroski, S.; Sillitoe, I.; Das, S.; Lees, J. G.; Jones, D. T.; Wan, C.; Cozzetto, D.; Fa, R.; Torres, M.; Warwick Vesztrocy, A.; Rodriguez, J. M.; Tress, M. L.; Frasca, M.; Notaro, M.; Grossi, G.; Petrini, A.; Re, M.; Valentini, G.; Mesiti, M.; Roche, D. B.; Reeb, J.; Ritchie, D. W.; Aridhi, S.; Alborzi, S. Z.; Devignes, M. -D.; Koo, D. C. E.; Bonneau, R.; Gligorijevic, V.; Barot, M.; Fang, H.; Toppo, S.; Lavezzo, E.; Falda, M.; Berselli, M.; Tosatto, S. C. E.; Carraro, M.; Piovesan, D.; Ur Rehman, H.; Mao, Q.; Zhang, S.; Vucetic, S.; Black, G. S.; Jo, D.; Suh, E.; Dayton, J. B.; Larsen, D. J.; Omdahl, A. R.; Mcguffin, L. J.; Brackenridge, D. A.; Babbitt, P. C.; Yunes, J. M.; Fontana, P.; Zhang, F.; Zhu, S.; You, R.; Zhang, Z.; Dai, S.; Yao, S.; Tian, W.; Cao, R.; Chandler, C.; Amezola, M.; Johnson, D.; Chang, J. -M.; Liao, W. -H.; Liu, Y. -W.; Pascarelli, S.; Frank, Y.; Hoehndorf, R.; Kulmanov, M.; Boudellioua, I.; Politano, G.; Di Carlo, S.; Benso, A.; Hakala, K.; Ginter, F.; Mehryary, F.; Kaewphan, S.; Bjorne, J.; Moen, H.; Tolvanen, M. E. E.; Salakoski, T.; Kihara, D.; Jain, A.; Smuc, T.; Altenhoff, A.; Ben-Hur, A.; Rost, B.; Brenner, S. E.; Orengo, C. A.; Jeffery, C. J.; Bosco, G.; Hogan, D. A.; Martin, M. J.; O'Donovan, C.; Mooney, S. D.; Greene, C. S.; Radivojac, P.; Friedberg, I.
An expanded evaluation of protein function prediction methods shows an improvement in accuracy
2016 Jiang, Yuxiang; Oron, Tal Ronnen; Clark, Wyatt T.; Bankapur, Asma R.; D'Andrea, Daniel; Lepore, Rosalba; Funk, Christopher S.; Kahanda, Indika; Verspoor, Karin M.; Ben Hur, Asa; Koo, Da Chen Emily; Penfold Brown, Duncan; Shasha, Dennis; Youngs, Noah; Bonneau, Richard; Lin, Alexandra; Sahraeian, Sayed M. E.; Martelli, Pier Luigi; Profiti, Giuseppe; Casadio, Rita; Cao, Renzhi; Zhong, Zhaolong; Cheng, Jianlin; Altenhoff, Adrian; Skunca, Nives; Dessimoz, Christophe; Dogan, Tunca; Hakala, Kai; Kaewphan, Suwisa; Mehryary, Farrokh; Salakoski, Tapio; Ginter, Filip; Fang, Hai; Smithers, Ben; Oates, Matt; Gough, Julian; Törönen, Petri; Koskinen, Patrik; Holm, Liisa; Chen, Ching Tai; Hsu, Wen Lian; Bryson, Kevin; Cozzetto, Domenico; Minneci, Federico; Jones, David T.; Chapman, Samuel; Bkc, Dukka; Khan, Ishita K.; Kihara, Daisuke; Ofer, Dan; Rappoport, Nadav; Stern, Amos; Cibrian Uhalte, Elena; Denny, Paul; Foulger, Rebecca E.; Hieta, Reija; Legge, Duncan; Lovering, Ruth C.; Magrane, Michele; Melidoni, Anna N.; Mutowo Meullenet, Prudence; Pichler, Klemens; Shypitsyna, Aleksandra; Li, Biao; Zakeri, Pooya; Elshal, Sarah; Tranchevent, Léon Charles; Das, Sayoni; Dawson, Natalie L.; Lee, David; Lees, Jonathan G.; Sillitoe, Ian; Bhat, Prajwal; Nepusz, Tamás; Romero, Alfonso E.; Sasidharan, Rajkumar; Yang, Haixuan; Paccanaro, Alberto; Gillis, Jesse; Sedeño Cortés, Adriana E.; Pavlidis, Paul; Feng, Shou; Cejuela, Juan M.; Goldberg, Tatyana; Hamp, Tobias; Richter, Lothar; Salamov, Asaf; Gabaldon, Toni; Marcet Houben, Marina; Supek, Fran; Gong, Qingtian; Ning, Wei; Zhou, Yuanpeng; Tian, Weidong; Falda, Marco; Fontana, Paolo; Lavezzo, Enrico; Toppo, Stefano; Ferrari, Carlo; Giollo, Manuel; Piovesan, Damiano; Tosatto, Silvio C. E.; del Pozo, Angela; Fernández, José M.; Maietta, Paolo; Valencia, Alfonso; Tress, Michael L.; Benso, Alfredo; DI CARLO, Stefano; Politano, GIANFRANCO MICHELE MARIA; Savino, Alessandro; Rehman, Hafeez Ur; Re, Matteo; Mesiti, Marco; Valentini, Giorgio; Bargsten, Joachim W.; van Dijk, Aalt D. J.; Gemovic, Branislava; Glisic, Sanja; Perovic, Vladmir; Veljkovic, Veljko; Veljkovic, Nevena; Almeida e. Silva, Danillo C.; Vencio, Ricardo Z. N.; Sharan, Malvika; Vogel, Jörg; Kansakar, Lakesh; Zhang, Shanshan; Vucetic, Slobodan; Wang, Zheng; Sternberg, Michael J. E.; Wass, Mark N.; Huntley, Rachael P.; Martin, Maria J.; O'Donovan, Claire; Robinson, Peter N.; Moreau, Yves; Tramontano, Anna; Babbitt, Patricia C.; Brenner, Steven E.; Linial, Michal; Orengo, Christine A.; Rost, Burkhard; Greene, Casey S.; Mooney, Sean D.; Friedberg, Iddo; Radivojac, Predrag
Genome-wide analysis identifies a functional association of Tet1 and Polycomb repressive complex 2 in mouse embryonic stem cells
2013 Francesco, Neri; Danny, Incarnato; Anna, Krepelova; Stefania, Rapelli; Pagnani, Andrea; Zecchina, Riccardo; Caterina, Parlato; Salvatore, Oliviero
RNAs competing for microRNAs mutually influence their fluctuations in a highly non-linear microRNA-dependent manner in single cells
2017 Bosia, Carla; Sgrò, Francesco; Conti, Laura; Baldassi, Carlo; Cavallo, Federica; Di Cunto, Ferdinando; Turco, Emilia; Pagnani, Andrea; Zecchina, Riccardo
| Citazione | Data di pubblicazione | Autori | File |
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| A critical assessment of Mus musculus gene function prediction using integrated genomic evidence / Lourdes Peña, Castillo; Murat, Tasan; Chad L., Myers; Hyunju, Lee; Trupti, Joshi; Chao, Zhang; Yuanfang, Guan; Michele, Leone; Pagnani, Andrea; Wan, Kim; Chase, Krumpelman; Weidong, Tian; Guillaume, Obozinski; Yanjun, Qi; Sara, Mostafavi; Guan, Lin; Gabriel F., Berriz; Francis D., Gibbons; Gert, Lanckriet; Jian, Qiu; Charles, Grant; Zafer, Barutcuoglu; David P., Hill; David Warde, Farley; Chris, Grouios; Debajyoti, Ray; Judith A., Blake; Minghua, Deng; Michael I., Jordan; William S., Noble; Quaid, Morris; Judith Klein, Seetharaman; Ziv Bar, Joseph; Ting, Chen; Fengzhu, Sun; Olga G., Troyanskaya; Edward M., Marcotte; Dong, Xu; Timothy R., Hughes; Frederick P., Roth. - In: GENOME BIOLOGY. - ISSN 1474-760X. - 9:(2008), p. S2. [10.1186/gb-2008-9-s1-s2] | 1-gen-2008 | PAGNANI, ANDREA + | - |
| The CAFA challenge reports improved protein function prediction and new functional annotations for hundreds of genes through experimental screens / Zhou, N.; Jiang, Y.; Bergquist, T. R.; Lee, A. J.; Kacsoh, B. Z.; Crocker, A. W.; Lewis, K. A.; Georghiou, G.; Nguyen, H. N.; Hamid, M. N.; Davis, L.; Dogan, T.; Atalay, V.; Rifaioglu, A. S.; Dalklran, A.; Cetin Atalay, R.; Zhang, C.; Hurto, R. L.; Freddolino, P. L.; Zhang, Y.; Bhat, P.; Supek, F.; Fernandez, J. M.; Gemovic, B.; Perovic, V. R.; Davidovic, R. S.; Sumonja, N.; Veljkovic, N.; Asgari, E.; Mofrad, M. R. K.; Profiti, G.; Savojardo, C.; Martelli, P. L.; Casadio, R.; Boecker, F.; Schoof, H.; Kahanda, I.; Thurlby, N.; Mchardy, A. C.; Renaux, A.; Saidi, R.; Gough, J.; Freitas, A. A.; Antczak, M.; Fabris, F.; Wass, M. N.; Hou, J.; Cheng, J.; Wang, Z.; Romero, A. E.; Paccanaro, A.; Yang, H.; Goldberg, T.; Zhao, C.; Holm, L.; Toronen, P.; Medlar, A. J.; Zosa, E.; Borukhov, I.; Novikov, I.; Wilkins, A.; Lichtarge, O.; Chi, P. -H.; Tseng, W. -C.; Linial, M.; Rose, P. W.; Dessimoz, C.; Vidulin, V.; Dzeroski, S.; Sillitoe, I.; Das, S.; Lees, J. G.; Jones, D. T.; Wan, C.; Cozzetto, D.; Fa, R.; Torres, M.; Warwick Vesztrocy, A.; Rodriguez, J. M.; Tress, M. L.; Frasca, M.; Notaro, M.; Grossi, G.; Petrini, A.; Re, M.; Valentini, G.; Mesiti, M.; Roche, D. B.; Reeb, J.; Ritchie, D. W.; Aridhi, S.; Alborzi, S. Z.; Devignes, M. -D.; Koo, D. C. E.; Bonneau, R.; Gligorijevic, V.; Barot, M.; Fang, H.; Toppo, S.; Lavezzo, E.; Falda, M.; Berselli, M.; Tosatto, S. C. E.; Carraro, M.; Piovesan, D.; Ur Rehman, H.; Mao, Q.; Zhang, S.; Vucetic, S.; Black, G. S.; Jo, D.; Suh, E.; Dayton, J. B.; Larsen, D. J.; Omdahl, A. R.; Mcguffin, L. J.; Brackenridge, D. A.; Babbitt, P. C.; Yunes, J. M.; Fontana, P.; Zhang, F.; Zhu, S.; You, R.; Zhang, Z.; Dai, S.; Yao, S.; Tian, W.; Cao, R.; Chandler, C.; Amezola, M.; Johnson, D.; Chang, J. -M.; Liao, W. -H.; Liu, Y. -W.; Pascarelli, S.; Frank, Y.; Hoehndorf, R.; Kulmanov, M.; Boudellioua, I.; Politano, G.; Di Carlo, S.; Benso, A.; Hakala, K.; Ginter, F.; Mehryary, F.; Kaewphan, S.; Bjorne, J.; Moen, H.; Tolvanen, M. E. E.; Salakoski, T.; Kihara, D.; Jain, A.; Smuc, T.; Altenhoff, A.; Ben-Hur, A.; Rost, B.; Brenner, S. E.; Orengo, C. A.; Jeffery, C. J.; Bosco, G.; Hogan, D. A.; Martin, M. J.; O'Donovan, C.; Mooney, S. D.; Greene, C. S.; Radivojac, P.; Friedberg, I.. - In: GENOME BIOLOGY. - ISSN 1474-760X. - ELETTRONICO. - 20:Article number: 244 (2019)(2019), pp. 1-23. [10.1186/s13059-019-1835-8] | 1-gen-2019 | Politano G.Di Carlo S.Benso A. + | s13059-019-1835-8.pdf |
| An expanded evaluation of protein function prediction methods shows an improvement in accuracy / Jiang, Yuxiang; Oron, Tal Ronnen; Clark, Wyatt T.; Bankapur, Asma R.; D'Andrea, Daniel; Lepore, Rosalba; Funk, Christopher S.; Kahanda, Indika; Verspoor, Karin M.; Ben Hur, Asa; Koo, Da Chen Emily; Penfold Brown, Duncan; Shasha, Dennis; Youngs, Noah; Bonneau, Richard; Lin, Alexandra; Sahraeian, Sayed M. E.; Martelli, Pier Luigi; Profiti, Giuseppe; Casadio, Rita; Cao, Renzhi; Zhong, Zhaolong; Cheng, Jianlin; Altenhoff, Adrian; Skunca, Nives; Dessimoz, Christophe; Dogan, Tunca; Hakala, Kai; Kaewphan, Suwisa; Mehryary, Farrokh; Salakoski, Tapio; Ginter, Filip; Fang, Hai; Smithers, Ben; Oates, Matt; Gough, Julian; Törönen, Petri; Koskinen, Patrik; Holm, Liisa; Chen, Ching Tai; Hsu, Wen Lian; Bryson, Kevin; Cozzetto, Domenico; Minneci, Federico; Jones, David T.; Chapman, Samuel; Bkc, Dukka; Khan, Ishita K.; Kihara, Daisuke; Ofer, Dan; Rappoport, Nadav; Stern, Amos; Cibrian Uhalte, Elena; Denny, Paul; Foulger, Rebecca E.; Hieta, Reija; Legge, Duncan; Lovering, Ruth C.; Magrane, Michele; Melidoni, Anna N.; Mutowo Meullenet, Prudence; Pichler, Klemens; Shypitsyna, Aleksandra; Li, Biao; Zakeri, Pooya; Elshal, Sarah; Tranchevent, Léon Charles; Das, Sayoni; Dawson, Natalie L.; Lee, David; Lees, Jonathan G.; Sillitoe, Ian; Bhat, Prajwal; Nepusz, Tamás; Romero, Alfonso E.; Sasidharan, Rajkumar; Yang, Haixuan; Paccanaro, Alberto; Gillis, Jesse; Sedeño Cortés, Adriana E.; Pavlidis, Paul; Feng, Shou; Cejuela, Juan M.; Goldberg, Tatyana; Hamp, Tobias; Richter, Lothar; Salamov, Asaf; Gabaldon, Toni; Marcet Houben, Marina; Supek, Fran; Gong, Qingtian; Ning, Wei; Zhou, Yuanpeng; Tian, Weidong; Falda, Marco; Fontana, Paolo; Lavezzo, Enrico; Toppo, Stefano; Ferrari, Carlo; Giollo, Manuel; Piovesan, Damiano; Tosatto, Silvio C. E.; del Pozo, Angela; Fernández, José M.; Maietta, Paolo; Valencia, Alfonso; Tress, Michael L.; Benso, Alfredo; DI CARLO, Stefano; Politano, GIANFRANCO MICHELE MARIA; Savino, Alessandro; Rehman, Hafeez Ur; Re, Matteo; Mesiti, Marco; Valentini, Giorgio; Bargsten, Joachim W.; van Dijk, Aalt D. J.; Gemovic, Branislava; Glisic, Sanja; Perovic, Vladmir; Veljkovic, Veljko; Veljkovic, Nevena; Almeida e. Silva, Danillo C.; Vencio, Ricardo Z. N.; Sharan, Malvika; Vogel, Jörg; Kansakar, Lakesh; Zhang, Shanshan; Vucetic, Slobodan; Wang, Zheng; Sternberg, Michael J. E.; Wass, Mark N.; Huntley, Rachael P.; Martin, Maria J.; O'Donovan, Claire; Robinson, Peter N.; Moreau, Yves; Tramontano, Anna; Babbitt, Patricia C.; Brenner, Steven E.; Linial, Michal; Orengo, Christine A.; Rost, Burkhard; Greene, Casey S.; Mooney, Sean D.; Friedberg, Iddo; Radivojac, Predrag. - In: GENOME BIOLOGY. - ISSN 1474-760X. - ELETTRONICO. - 17:1(2016), pp. 1-19. [10.1186/s13059-016-1037-6] | 1-gen-2016 | BENSO, ALFREDODI CARLO, STEFANOPOLITANO, GIANFRANCO MICHELE MARIASAVINO, ALESSANDRO + | GENBIO.2016.CAFA2.pdf |
| Genome-wide analysis identifies a functional association of Tet1 and Polycomb repressive complex 2 in mouse embryonic stem cells / Francesco, Neri; Danny, Incarnato; Anna, Krepelova; Stefania, Rapelli; Pagnani, Andrea; Zecchina, Riccardo; Caterina, Parlato; Salvatore, Oliviero. - In: GENOME BIOLOGY. - ISSN 1474-760X. - STAMPA. - 14:(2013), p. R91. [10.1186/gb-2013-14-8-r91] | 1-gen-2013 | PAGNANI, ANDREAZECCHINA, RICCARDO + | - |
| RNAs competing for microRNAs mutually influence their fluctuations in a highly non-linear microRNA-dependent manner in single cells / Bosia, Carla; Sgrò, Francesco; Conti, Laura; Baldassi, Carlo; Cavallo, Federica; Di Cunto, Ferdinando; Turco, Emilia; Pagnani, Andrea; Zecchina, Riccardo. - In: GENOME BIOLOGY. - ISSN 1474-760X. - ELETTRONICO. - 18:(2017), pp. 17-30. [10.1186/s13059-017-1162-x] | 1-gen-2017 | BOSIA, CARLABALDASSI, CARLOPAGNANI, ANDREA + | s13059-017-1162-x.pdf |
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